Basta conectar seu iPod/iPhone/iPad no seu computador ou mac, ao aparecer o aparelho no itunes, clique com o botão direito sobre ele e use a opção Transferir compras.

Prontinho, o iTunes vai baixar todos os seus aplicativos do seu aparelho para a biblioteca, sem perder nada.
As músicas você precisará sincronizar novamente, mas acho que isso é o de menos, já que automativamente irá criar suas listas para ficar ouvindo enquanto usa a máquina.
É algo bem simples, mas li em alguns forúns o pessoal dizendo que não tinha como realizar essa sincronização, que a única fora seria perder tudo do aparelho e baixar de novo. Agora sabemos que tem como. :-)
Espero ter ajudado.
Abraços